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確實目前剛公開的 DEDU對讀 (https://dedu.dila.edu.tw) ，應該可以部份滿足您的需求。
這是一個可以製作「單一科判」對應多個相關文件的的環境。
或許您可以參考一下， 由DEDU製作的示範專案 (https://dedu.dila.edu.tw/home/collections.php)
要先检索一下，有没有大德做过说法地点的专题研究？
从中提取一个佛经序分中说法地点的叙述模式:)
可以的，用最新版的64位的calibre工具，安装之后，进去下载一个epubmerge的插件，就可以合并了:)
https://www.epubor.com/how-to-merge-multiple-epub-ebooks.html
試了試，還是連不上。
對於「epub文件合併成了一個超大的epub文件」，是怎麼處理的？有現成軟體可以處理嗎？
最近法鼓文理學院做了一個對讀系統：https://dedu.dila.edu.tw
它的重點在「對讀」，而不是「科判」，
但是也可以做「科判」與「內文」的對應，
或許可以做為參考。
它是開放的，可以自建專案。